Предлагаю вариант отключить все страны, а затем включить нужные. В PhpMyAdmin зайдите в свою базу и введите SQL запрос
UPDATE `oc_country` SET `status` = '0'
oc_country название таблицы, если у вас другой префикс, то меняете на свой.
Потом останется только включить те что нужно, это можно и в админке сделать.